1924 őszén önálló műhelyet nyitott a család támogatásával Budapesten. A magyar könyvkötészet a vállalkozás megindításakor minden téren válságos helyzetben volt. A hagyományos módon dolgozó kézi kötészetekben pedig – éppen a gépi kötészetekkel folytatott árverseny miatt – már jóvátehetetlenül megbomlott a mesterség és művészet évszázadok alatt kialakult összhangja. A nagy példányszámmal dolgozó gépi kötészetek egyelőre még sem technológiai, sem formai téren nem találták meg ipar és művészet korábbi harmóniáját. Kner Erzsébet ebben a helyzetben bátyja, Kner Imre tanácsait követte és úgy döntött, hogy nem az árak leszorításával, hanem az igazi minőséggel fog versenyezni. Mindezt a család segítségével sikeresen véghez is vitte.

Kner Erzsébet a mesterségbéli hagyományok felé fordulva kereste a technika és a forma új harmóniáját. A húszas években készült könyvkötései közel voltak a reneszánsz és barokk alkotásaihoz, de két-három év múlva megtalálta a maga egyéni stílusát. Kötései egyszerűbbek voltak. Vonalakkal, keretekkel, takarékosan használt ornamensekkel díszítette könyveit, s így elérte, hogy még jobban érvényesült az anyagok szépsége. Az Alkotmány utcai könyvkötészet működése elején megtalálta a maga közönségét, a bibliofil gyűjtők, a szép könyvek barátai szívesen dolgoztattak Kner Erzsébettel. A húszas évek végén már a legjobb fővárosi kézműves iparművészek között tartották számon. A harmincas években bővült a kis műhely jellege, Kner Erzsébet megpróbálkozott a gépi kötéssel is. A kézi könyvkötéseknél változatlanul a hagyományos eljárásokat és anyagokat alkalmazta. A kisebb példányszámú bibliofil kiadások esetében használta a gépi technológiát.

A háború éveit és az üldöztetés időszakát sikeresen átvészelte, azonban az államosítások idején 1949-ben az Egyesült Államokba települést választotta az önállóság megtartása érdekében. Chicagóban kapott munkát, a Newberry Könyvtár megbízta kötés nélküli, illetve megrongálódott kötésű ősnyomtatványainak újrakötésével. A munka közel egy évig tartott és sikert hozott Kner Erzsébet számára. Így a honoráriumból egy, a budapestihez hasonló műhelyet hozott létre. A chicagói műhelye 1952-től 1982-ig működött, elsősorban a bibliofil kiadóknak, gyűjtőknek, könyvtáraknak, igényes reklámügynökségeknek dolgozott. Amerikában az évszázados mesterségbeli hagyományokat ismerő, ugyanakkor a modern irányzatok iránt fogékony európai iparművészek között tartották számon. 85 éves korában vonult vissza az aktív munkától.

Az 1970-es évektől fogva gyakran hazalátogatott, s 1987-ben sor került az igazi hazatalálásra is: 90. születésnapján Haiman György kezdeményezésére az Országos Széchényi Könyvtárban reprezentatív életműkiállítás keretében mutatták be hat évtizedes könyvkötői pályafutásának legfontosabb állomásait. A kiállítás komoly visszhangot váltott ki. Kner Erzsébet számára pedig elégtételt és megnyugvást adott: „…ilyen szép kiállítást még életemben nem láttam… Soha saját könyveimet még ilyen szépnek nem láttam” – mondta meghatottan a kiállítás megnyitóján. Az életművének széles körben való megismertetéséért a legtöbbet a gyomai Kner Nyomdaipari Múzeum tette. Az intézmény gyűjti és alkalmanként az érdeklődők elé tárja Kner Erzsébet munkáit, a 100. születésnapjára megjelentetett egy róla szóló önéletrajzot is.