A Pinkerton Detektívügynökség igen gyorsan verekedte fel magát a leghíresebb cégek közé. Hatékonyságát köszönhette a modern technika alkalmazásának, a bűnesetek és bűnözők nyilvántartásának. Ők voltak az elsők, akik aktákat készítettek a gyanúsítottakról, fényképek alapján azonosították a tetteseket és nem riadtak vissza attól sem, hogy beépüljenek a bandákba.

Pinkerton lett Abraham Lincoln testőre, s meghiúsított egy merényletet 1861-ben, melyet az elnök beiktatásán akartak elkövetni. Lincoln hálából őt bízta meg a titkosszolgálat megszervezésével, amely a polgárháború végén már hatékonyan működött. Hírszerzésben és kémelhárításban is jeleskedtek. Megakadályozták például a nyolcezer déli hadifogoly kiszabadítására szőtt összeesküvést.

Legnagyobb sikereik közé tartozott egy 700 ezer dolláros vonatrablás tetteseinek elfogása 1866-ban, Jesse James és bandájának felszámolása, Butch Cassidy és a Sundance Kölyök elüldözése Latin-Amerikába, illetve a Wild Bunchnek nevezett vonat-és bankrablásra szakosodott bűnszövetkezet elfogása.