A barlangnak két fővize van, két patak. Az egyik az Acheron, amely a barlangvendéglő közelében egy sziklák közt végződő vízmosás időszakos vizeiből veszi eredetét és az ú. n. Csontházban jelenik meg a barlangban: „Hinc via, Tartarei quae fert Acherontis ad undas...” A másik a Styx, amely az ú. n. Büdöstói ágban jelenik meg.

Honnét jön, nem tudjuk. Régebben azt tartották, hogy a Büdös-tóból ered, ma inkább azt gondolják, hogy a pár éve felfedezett Hosszúszói barlang patakjának a folytatása. A Styx 326 m-en beérkezik (3. kép) a főágba és 350 m-en, az ú. n. Malomgát alatt egyesül az Acheronnal. Egyesült vizeik az egész főágon végigfolyva a nagy Bálványoszlop alatt tűnnek el (5980 m).

A barlang hosszában két nevezetesebb mellékcsermely torkollik a főpatakba, mégpedig 2210 m-en a Törökmecset vize, majd .a Retekág csermelye. Van a barlang hosszában több nyelő is, így a Nehéz útban (1200 m), Mátyás templomában (1980 m), Vajdahunyad vára alatt (4052 m), az Egri nagy orgonánál (5080 m) és végül a Bálványoszlop alatt.

A barlang vizei ideiglenesek, nem mindenkor folynak és ki is száradhatnak. Sokszor hónapokon át nem folynak a vizek, hanem tócsákra szakadozva állnak. Csak a tavaszi hóolvadás idején folyik a barlang egész hosszában a víz, elképzelhetetlen robajjal, zúgással rohanva, esve a sziklákon, hogy örvényezve tűnjék el a nyelőkben.

Mi a sorsa ennek az eltűnő víznek, nem tudjuk. A közhiedelem azt tartja, hogy a Jósvapatak forrása a Farkaslyukban a barlangi vizek kibukkanása. Ez azonban 80 m-rel mélyebben fekszik, mint a barlang ma ismert vége és állandóan folyik, míg a barlangban sokszor hónapokon át nincs vízfolyás.

Ez a forrás tehát egy mélyebb szintből kapja a vizét, amely szintbe a nyelőkön át a barlang vizei is lejutnak. A barlang alatt tehát egy másik vízrendszer van, amely szintén barlangot oldott és vájt már ki. A barlang keletkezéséről bővebben olvashatunk Dr. Cholnoky Jenő munkájában.

A barlang üregei valamikor nagyobbak voltak, mint ma. A patakok hordalékából homokos és kavicsos lerakodások, hatalmas agyagszivárgó víz meszéből keletkező cseppkőfüggönyök, a falakat borító kéregcseppkő, a szikla- vagy agyagtalajt rétegesen beborító burkoló cseppkő, vagy barlangi travertin. A tócsákban összegyűlt csepegő vizek fenekét és a mélyedések oldalait is mészréteg vonja be és így cseppkőmedencék és „kutak” keletkeznek.

A cseppkőképződmények rendkívül változatos alakúak. Az Aggtelei-barlang képződményéinek gazdagsága, szépsége, változatossága egy szemernyivel sem marad el a világhíres Adelsbergi barlang mögött, mint ezt az 1927-ben itt járt osztrák-német barlangkutatók is megállapították.

Természetes, hogy a gyér világítás mellett, a félhomályban erősen dolgozó képzelet a cseppkőképződményeket a legváltozatosabb nevekkel ruházta fel. Sokszor inkább a fantázia merészségén csodálkozik az ember, mint a cseppkőalakzaton.