Bonyolult labirintusok nincsenek. A főág a Baradlatető, Galyatető Simon-palagja, Középhegy és a Jósvagalya-magaslatok alatt húzódik (2. kép) és a hossza az aggteleki természetes bejárattól a Pokolig kb. 6028 m. Mellékág, elágazás kevés van. Így az aggteleki bejárattól számítva 137 m-en a „Rókalyuk”, 221 m-en a „Denevér-barlang”, 326 m-en a Büdöstó-Paradicsomi ág torkollanak be.

3240 méternél ágazik ki a leghosszabb. 1200 m hosszú mellékág, a „Retekbarlang”; 4752 m-nél találjuk az ú. n. „Jósvafői ágat”, amelynek végébe 1890-ben Münnich Kálmán felmérése alapján kívülről egy ferdén lefelé vezető új bejáratot törtek.

241 lépcsőn jutunk itt le a barlangba. Ezt a lejáratot verestói bejáratnak is nevezik, mert nem messze tőle van a „Verestó” nevű kis dolina-tó. Az aggteleki es verestói bejárat távolsága a barlangon át 492.5 m, de rendesen 4 óra alatt teszik meg a kirándulók.

5250 m-nél találjuk a rövid „Arany-utca” ágat, majd a főág végén a „Pokolba” jutunk. A Pokol-ág körülbelül 500 m hosszú és Jósvafő határában, a Farkaslyuk-völgyben 1928-ban Kaffka Péter felmérése alapján tört kényelmes bejárata van, az ú. n. jósvafői bejárat. A főágban mindig tudhatjuk, hogy az aggteleki bejárattól milyen távolságban vagyunk, mert a falon hosszú fehér vonással és számmal jelezve vannak a százméterek.

A barlang egész környéke meglehetősen tipikus karszt, a Gömör-tornai karsztvidék. A karsztjelenségek közé tartoznak a karsztos mészkőből álló hegyoldalak, a víznyelők (Ravaszlyuk, Kis-Baradla, Zsomboly stb.), vizes töbörök (Verestó, Aggteleki tó, Büdöstó) és számos elzáródott száraz töbör Egy ilyen töbör mélyén van a verestói bejárat is. Karsztjelenség végül maga a barlang is.

A barlangkutatók mai nézete szerint a barlang üregét a víz oldó- és vájó munkája formálta ki a mészkőben, minden valószínűség szerint előképzett kőzetrepedések mentén. A barlang falai mindenütt világosan mutatják a víz különböző irányú és minőségű munkájának a hatását, de részletesen ezeket még senki sem tanulmányozta.

A hétköznap embere, aki az emberi történelem időszámításához szokott hozzá, nehezen tudja, elképzelni, hogy ezeket a sok helyen 15-50-70 méter széles, olykor 30-50, sőt 87 m magas üregeket molekulánkint mosta ki a víz.